Pada 21 Mac 2008, Henrique menerima panggilan pertama untuk menyertai pasukan kebangsaan Brazil selepas pemain bek, Juan telah dikeluarkan akibat kecederaan pada lutut.

Pada 16 April 2013, Henrique telah dipanggil oleh Luiz Felipe Scolari, bekas jurulatihnya di Palmeiras, untuk perlawanan persahabatan menentang Chile pada 24 April di Mineirão. Tetapi pada 19 April, Palmeiras mempunyai perlawanan menentang Tijuana pada hari berikutnya, Henrique dikeluarkan dari senarai skuad dan Rodrigo Moledo dari Internacional dipanggil untuk menggantikan tempatnya. Pada hari yang sama, CONMEBOL menukarkan jadual Palmeiras dan Henrique dipanggil semula tetapi Moledo tetap dalam senarai skuad.

Pada 7 Mei 2014, beliau telah dipilih ke skuad Brazil yang bertanding di Piala Dunia FIFA 2014 di tanah air sendiri.[10] Beliau menggantikan penyerang Neymar yang tercedera dalam perlawanan suku akhir menentang Colombia.[11]